Les structures de la COFACE sont organisées pour garantir une réelle représentativité:

• L'Assemblée générale, ouverte aux représentants de toutes les organisations membres, définit chaque année les lignes générales d'action.
• Le Conseil d'administration est l'organe délibératif le plus important de la COFACE. Son Président actuel est Yves ROLAND-GOSSELIN (FR). 
• Le Bureau veille à l'exécution des décisions du Conseil d'administration. En plus du Président, le Bureau est constitué de deux Vice-Présidents Vivie PAPADIMITRIOU (EL) et John Hebo NIELSEN (DK) du Trésorier John Hebo NIELSEN (DK) et de Anna TARABINI (IT). 
• Des Groupes de travail composés d'experts des organisations membres travaillent sur différents thèmes: consommation et affaires économiques, éducation, politique sociale, habitat, santé. 
• Le Secrétariat, établi à Bruxelles, représente la COFACE et en assure le fonctionnement quotidien. Il est dirigé par le Directeur, William LAY. 
• La COFACE est représentée officiellement dans différents organes consultatifs de la Commission européenne. Elle entretient des contacts réguliers avec les institutions européennes, notamment la Commission, le Parlement européen, le Conseil et le Comité économique et social. 
• La COFACE est membre de la Plate-forme des ONGs sociales, du Forum permanent de la société civile, de la Coordination européenne pour le droit des étrangers de vivre en famille, de l'ANEC (organisation européenne de coordination de la participation des consommateurs aux travaux de normalisation européenne), d' EBIS (European Brain Injury Society), du comité des ONG familiales (Vienne), de l'Organisation Mondiale des Familles.